W nowej perspektywie w ramach unijnych funduszy otrzymamy w sumie 82,5 mld euro. Podzielenie tej kwoty i przygotowanie dobrej organizacji związanej z przyjmowaniem i rozpatrywaniem wniosków będzie bardzo trudne i wymagające zaangażowania. Za całość systemu odpowiadać będzie Minister Rozwoju, który ma koordynować poprawność i sprawny przebieg całej procedury związanej z umowami partnerstwa, w ramach których będzie można uzyskiwać dotacje.
W Polsce mamy specjalny komitet do spraw umowy partnerstwa, który ma nadzorować i kontrolować poprawność działań instytucji, które są odpowiedzialne za dzielenie Funduszy Europejskich. W ramach tego urzędu działają również specjalni przedstawiciele, których zadaniem będzie kierowanie programami. Za poprawność procesu odpowiada szereg instytucji Państwowych, które wyznaczane są osobno dla każdego przygotowywanego programu. Głównym odpowiedzialnym za spójne działanie również w tym przypadku będzie Minister Rozwoju. To pod jego kierownictwem w ramach regionalnych działań będą funkcjonować zarządy województwa. Każdy powoływany zarząd będzie miał za zadanie ustalać działanie programu w danym regionie. Muszą one kontrolować prawidłową realizację i ustalić jak wygląda przyznawanie dotacji. Będzie można sprawdzać zgłaszane wnioski pod kątem ich poprawności oraz tych informacji jakie będą się w nich znajdować. Można również oczekiwać czy fundusze będą prawidłowo zgodne z założeniami wydanymi przez beneficjentów.
W ramach zarządu osoby ustalone do takich działań muszą oceniać i śledzić również realizację projektów. W ten sposób możliwa będzie ocena czy wszystko będzie robione zgodnie z założeniami. Również Komisja Europejska musi potwierdzić zgodność wydatków względem obowiązujących przepisów prawnych w Polsce i UE. Wszystkie instytucje, które mają tutaj brać w tym udział będą odpowiedzialne za dobre zarządzenie środkami finansowymi. W ramach pomocy będą miały również do swojej dyspozycji odpowiednie instytucje pośredniczące organizujące należne wsparcie. Instytucje, które pośredniczą mogą również organizować specjalne instytucje wdrożeniowe i to im będą przekazywać cześć tych obowiązków jakie posiadają. Powołana jest również specjalna Instytucja Audytowa, która będzie prowadziła audyty systemu zarządzania i nadzór nad projektami unijnymi. Przy każdym programie mamy także Komitet Monitorujący, który będzie miał wiele ważnych zadań. To on może kontrolować realizację programu oraz przyjmowanie wniosków i warunków oceny projektów. Wszystkie projekty, jakie mają być realizowane w ramach systemu Funduszy Europejskich musza być na bieżąco kontrolowane oraz rozliczone. Jeśli coś będzie nie tak środki będzie trzeba zwracać.